نمایندگان مجلس با بررسی مواد 6 تا 11 از فصل کلیات و تعاریف برای بخش‌های نظارتی بر فعالیت این دسته از سازمان‌ها قوانینی وضع کردند که پس از تصویب کامل در سراسر کشور به اجرا در خواهد آمد.براساس آنچه از تصویب نمایندگان گذشت، هیات عالی سازمان‌های مردم نهاد از معاونین ذیربط وزارت کشور(رئیس هیات)، وزارت امور خارجه، وزارت اطلاعات و نمایندگان تام‌الاختیار قوه‌قضاییه، نیروی انتظامی، سازمان صدا و سیما، سازمان اوقاف و امور خیریه، سازمان تبلیغات اسلامی، سازمان بسیج مستضعفان، سپاه پاسداران، کمیته امداد امام خمینی(ره)، مرکز امور مساجد و نماینده منتخب سازمان‌های ملی و نماینده دستگاه تخصصی مورد نیاز با حق رای نماینده شورای‌عالی استان‌ها و یک نفر از نمایندگان عضو کمیسیون اجتماعی مجلس تشکیل شده و کار نظارت بر فعالیت سازمان‌ها را برعهده خواهد داشت.
هیات نظارت در استان‌ها و شهرستان‌ها نیز از معاون استاندار (فرماندار) و نمایندگان تام‌الاختیار اداره اطلاعات، دادگستری، نیروی انتظامی، سازمان اوقاف، سازمان بسیج مستضعفان، سپاه پاسداران، سازمان تبلیغات اسلامی، امام جمعه و نماینده‌ای از سازمان‌های مردم نهاد تشکیل می‌شود که بر حسب حوزه جغرافیایی تعیین شده، استان یا شهرستان، نظارت بر این سازمان‌ها را انجام دهد.
نکته مورد توجه در مواد تصویب‌شده اخیر حضور پررنگ نیروهای نظامی و انتظامی در ترکیب هیات‌های نظارت بر فعالیت‌های سازمان‌های مردم‌نهاد است. محمدرضا محسنی‌ثانی، نماینده مردم سبزوار در مجلس شورای اسلامی در توضیح این حضور گفت: بعضی از این مسائل طبیعتا بایستی با استعلاماتی انجام بگیرد.
به همین خاطر هم است که نمایندگانی از نهادهای استعلام‌شونده در هیات نظارت حضور دارند تا استعلام‌ها سریع‌تر انجام شود، به همین دلیل هم‌زمان معینی برای بررسی درخواست‌ها تعیین شده و حضور نمایندگان برخی نهادها بیشتر به‌دلیل سرعت‌بخشی به کار استعلام‌هاست ولی چهره‌هایی که حضور دارند بیشتر بعد مردمی دارند.
مثلا بسیج اگر حضور دارد به‌دلیل وجهه مردمی و کارهایی است که در مورد سازمان‌های مردم نهاد برعهده گرفته و جایگاه و پایگاه بسیج در اینجا مردمی است. محسنی ثانی افزود: بیشترین گلایه‌ای که مسئولان سازمان‌های مردم نهاد مطرح کرده‌اند، درواقع به نوعی عدم‌همکاری نهادهای دولتی در ارائه آمار است. مدیران این سازمان‌ها معمولا گفته‌اند که هرگاه برای دریافت اطلاعات و آمار به مراکز دولتی مراجعه کرده‌اند با عدم‌همکاری این مراکز روبه‌رو شده‌اند بنابراین مهم‌ترین خواسته این افراد ایجاد هماهنگی میان دولت و سازمان‌هاست.
